ネオは現実とマトリックスの狭間に閉じ込められていた。預言者からの助言をうけ、彼を救うためにモーフィアス、トリニティらは奔走する。
マトリックス三部作の最終章。マトリックスでは大量のスミスのコピー発生してネオを襲い、現実世界ではザイオンにセンチネルが迫る。人類滅亡への序章が始まる。
善悪の対立にループ。仮想世界と現実世界の交錯。さらには自己の存在と敵の存在の関係性。色んな要素を盛り込んで収束させて三部作終了。たぶん、三部作の中で比べると映画的には盛り上がれないところもある。しかし、この作品まで見ないと始まらない。
サイドストーリとしてのアニメやゲームと一緒に見ると深く楽しめるというマニアック仕様な作品でもある。